La historia de la Laguna de Padul es fascinante y su origen se remonta a hace aproximadamente 1 millón de años. Se formó debido a movimientos en la corteza terrestre que crearon una depresión o hundimiento entre dos sistemas de fallas geológicas.
Esta depresión, conocida como "graben del Padul", se fue llenando poco a poco con agua subterránea que venía de los acuíferos de Sierra Nevada y con sedimentos.
El fondo de la cuenca es impermeable (no deja pasar el agua) porque está formado principalmente por arcilla. Esto permitió que se acumulara agua y se creara un ambiente pantanoso donde las plantas que morían no se descomponían completamente debido a la falta de oxígeno. Así se formó la turba, un material orgánico que en algunas zonas de la laguna alcanza los 100 metros de espesor.
La laguna ha pasado por muchos cambios a lo largo de su historia:
Durante las épocas glaciares se reducía su tamaño
En las épocas más cálidas se expandía
Desde hace unos 4.000 años, los seres humanos comenzaron a influir en la laguna
En los siglos XVIII y XIX se hicieron obras para drenar parte de la laguna y ganar terrenos para la agricultura
En el siglo XX se explotó industrialmente la turba, lo que modificó mucho el paisaje
Desde finales del siglo XX hasta hoy, se están haciendo esfuerzos para proteger y restaurar la laguna. En 1989 se incluyó dentro del Parque Natural de Sierra Nevada, y posteriormente se reconoció como Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y Lugar de Importancia Comunitaria (LIC)
Un descubrimiento muy importante ocurrió en 1982-83, cuando durante los trabajos de extracción de turba se encontraron restos de un mamut meridional, lo que nos muestra que hace miles de años vivían grandes mamíferos en esta zona.